Investigação da prevalência de determinantes de resistência aos antimicrobianos em genomas depositados em banco de dados de Klebsiella pneumoniae no Brasil.

Resumo

Historicamente, o tratamento de infecções graves causadas por patógenos produtores de beta-lactamases de espectro estendido se concentrou no uso de carbapenêmicos. No entanto, a propagação de cepas resistentes, como a Klebsiella pneumoniae produtora de carbapenemase (KPC) — uma serino-β-lactamase da classe A que confere resistência aos carbapenêmicos, incluindo o imipenem — representa um obstáculo significativo ao tratamento eficaz. Este estudo analisou a prevalência dos genes de resistência em genomas de K. pneumoniae produtoras de KPC no Brasil. Utilizou-se uma abordagem quantitativa para analisar dados genômicos de K. pneumoniae, extraídos do banco de dados do National Center for Biotechnology Information (NCBI) até 18 de janeiro de 2024. A coleta de dados foi realizada com a ferramenta de Pathogen Detection do NCBI, com filtros aplicados para garantir a precisão e relevância dos resultados. Os dados foram selecionados considerando a espécie K. pneumoniae, o genótipo bla_KPC, e foram restringidos a isolados provenientes do Brasil, obtidos de amostras clínicas com Homo sapiens como hospedeiro. Foram identificados 614 isolados de K. pneumoniae, nos quais 163 genes relacionados à resistência antimicrobiana foram detectados. A maioria das amostras foi proveniente de sangue (49,8%), seguidas por urina (14,8%), cateteres (2,7%) e 4,2% de outros materiais clínicos variados. O gene de resistência bla_KPC-2 apresentou-se como a variante gênica predominante, sendo encontrado em 539 amostras, enquanto variantes menos frequentes como bla_KPC-3, bla_KPC-30, bla_KPC-157, bla_KPC-113, bla_KPC-33, bla_KPC-181 e bla_KPC-44 também foram detectadas. Além do bla_KPC, outros genes de resistência de importância foram observados, incluindo o bla_CTX-M-15, uma beta-lactamase de espectro estendido (ESBL), encontrado em 99,19% das amostras. O gene aph(3')-Ia foi encontrado em 45,93% das amostras, associado à resistência aos aminoglicosídeos. O gene bla_TEM-1 foi identificado em 61,56% das amostras, e outros genes como oqxB e bla_SHV-11, relacionados à resistência a quinolonas e colistina, respectivamente, apresentaram prevalências de 81,60% e 77,04%. A presença de bla_SHV-11 foi observada em 77,04% das amostras, enquanto variantes adicionais como bla_SHV-1, bla_SHV-2, bla_SHV-5, bla_SHV-12 e bla_SHV-27 tiveram frequências de 13,52%, 0,49%, 0,33%, 0,81% e 4,07%, respectivamente. Outras variantes, como bla_SHV-2A, bla_SHV-28, bla_SHV-32, bla_SHV-110, bla_SHV-121 e bla_SHV-187, apresentaram frequências entre 0,16% e 0,65%. Observou-se a elevada prevalência de genes de resistência antimicrobiana em isolados de KPC no Brasil, com destaque para o gene blaKPC-2, presente na maioria das amostras analisadas. A presença de variantes adicionais, como blaKPC-3, blaKPC-30 e outras, revela uma diversidade genética que reforça os desafios no controle e tratamento de infecções por esses patógenos. Além disso, a identificação frequente de genes como blaCTX-M-15, aph(3')-Ia, blaSHV-11 e oqxB sugere uma ampla resistência não só aos beta-lactâmicos, mas também a outras classes de antimicrobianos, incluindo aminoglicosídeos, quinolonas e colistina.